Ursprung:
1874 wurde in Schluderns/Südtirol bei Josef Folie ein Goldfuchs geboren:
249 Folie, Sohn des Original-Araberhengstes 133 El Bedavi XXII und einer Landstute.
Folie entsprach den Idealvorstellungen des Heeres und wurde als Deckhengst angekauft.
Gestütskommandant Graf Huyn beschreibt ihn begeistert als ein Muskelpaket mit Araberadel, langer, schräggelagerter Schulter, strammem Rücken, gerader Kruppe, tiefer Bemuskelung, kräftigen Gelenken, weiträumigem, korrektem Gang und einem herrlichen Temperament. Widerristhöhe 158 cm (Bandmaß), Gürtel 182 cm, Röhrbein 20,5 cm.
Die offizielle Anerkennung der Haflinger Rasse erfolgte durch Erlass des österreichischen Landwirtschaftsministeriums am 2. Mai 1898.
Sieben Hengste, alle Nachkommen von Folie, gelten heute als Linienbegründer:
999 Anselmo, geb. 1926, A-Linie; Bolzano, geb.1915, B-Linie; Massimo, geb. 1927, M-Linie; Nibbio, geb. 1920, N-Linie;
Stelvio, geb. 1923, S-Linie; 1074 Student, geb. 1927, St-Linie; 401 Liz. Willi, geb. 1921, W-Linie.

In Deutschland
begann der Aufbau der Haflingerzucht in den 30er Jahren, hauptsächlich in Bayern, wo die stämmigen Pferde bei den Gebirgstruppen des Heeres und in den bäuerlichen Betrieben der Bergregionen Verwendung fanden.
Als erste registrierte Vatertiere kamen Urban 1, geb. 1931, Held 2, geb. 1933 und Xandl 3, geb. 1934, zum Deckeinsatz; bei einem angegebenen Bandmaß von 156-158 cm, dürfte das Stockmaß dieser Hengste im Bereich von 142-147 gelegen haben.

Im Allgäu
fanden im Jahre 1936 die ersten Stuten ihr neue Heimat, denen in den folgenden Jahren eine größere Anzahl folgte. Insbesondere auf Initiative des damaligen Zuchtleiters der AHG Immenstadt, Dr. Wolf, konnte sich diese neue Pferderasse schnell im Oberallgäu ausbreiten.
Erste Züchter waren Hans Schneider, Hofs, und Erich Dwinger, Hedwigshof, denen sich Willy Reichert, Allgäuer Berghof, und Theodor Sontheim, Greuth, sowie Franz Mayer, Kierwang, Konrad Schneider, Stoffels, Michael Allgaier, Weiher und Heinz Otto, Sigiswang, bald anschlossen.
So waren 1942 insgesamt 21 Züchter mit 30 Stuten Mitglied des Pferdezuchtverbandes Schwaben, wurden in der Zuchtbuchführung jedoch von München aus betreut.
Wesentlich beeinflusst wurde die Entwicklung der Haflingerzucht durch die im Zuchtgebiet aufgestellten Hengste.
In den Anfangsjahren der Zucht bestand keine Möglichkeit im Allgäu bei einem Haflingerhengst zu decken, bis Hans Schneider 1938, "Elmar 6" (als Leihhengst) nach Hof brachte.
Von drei Hengsthaltungen im Jahr 1948 mit je einem Hengst entwickelten sich, mit zunehmender Stutenzahl, die Hengsthaltungen auf eine das gesamte Allgäu abdeckende Zahl von 7 Hengsthaltungen, mit 10 anerkannten Hengsten (Stand 2003).
Die Absatzfrage in der Haflingerzucht war vor und während des Krieges kein Problem, da die Heeresfohlenhöfe (hier im Allgäu Gschwend-Stiefenhofen) alle nicht in Züchterhand verbleibenden Haflinger aufnahm.
Mit der Einführung der Fohlenabsatzveranstaltungen im Jahr 1948 in Immenstadt, ab 1953 in Sonthofen und ab Mitte der sechzige Jahre in Kempten, entwickelte sich der Hauptabsatz der Haflinger zum Fohlenabsatz, hin.
Die Zahl der vermarkteten Fohlen betrug bis zum Umzug nach Kempten jährlich bis zu 30 Fohlen.
Anfangs der neunziger Jahre stieg die Zahl der Marktfohlen auf nahezu 200, so dass es notwendig war, eine zweite Auktion in Buchloe zu veranstalten.
Inzwischen hat sich die Nachfrage vermehrt zum fertigen Pferd gewandelt, so dass der Fohlenmarkt weniger beschickt wird. Die Fohlen verbleiben zum größten Teil in ihren Heimatställen, werden mit drei Jahren ausgebildet und dann als Zucht- oder Gebrauchspferd verkauft.
In den letzten Jahren gingen Allgäuer Haflinger in fast alle europäischen Staaten, darunter auch zurück ins Ursprungsland Südtirol.
Sogar in den USA stehen heute Haflinger aus dem Allgäu.

Zuchtziel
Der ideale Haflinger ist heute ein mittelgroßes Pferd mit harmonischen, kräftigen und korrekten Formen.
Gefragt ist ein gutmütiger, ruhiger Charakter bei gleichzeitig energischem Temperament.
Die Bewegungen sollen regelmäßig mit gutem Schub aus der Hinterhand sein, die einzelnen Gangarten elastisch und raumgreifend.

Der Haflinger ist fuchsfarben in den verschiedenen Abstufungen, bevorzugt wird der Goldfuchs.
Nach Möglichkeit sollte er keine weißen Beinabzeichen haben.
Schopf, Mähne und Schweif zeigen viel seidiges, glattes, weißes bis blondes Langhaar.

Der Kopf sollte leicht und trocken sein mit leichtem Eindruck am oberen Nasenrücken, großen dehnungsfähigen Nüstern, kleinen tulpenförmigen Ohren und lebhaften, ausdrucksstarken Augen mit gut gezeichneten Augenbögen.

Gefragt ist weiters ein korrekter, leistungsfähiger Körperbau (gut angesetzter, genügend langer Hals, breiter Rücken, geschlossene, breite und kurze Lende, muskulöse, gezogene Kruppe) mit ausgeprägtem Widerrist, trockenen starken Gliedmaßen und Gelenken sowie gut abgesetzten Sehnen.
Ein Merkmal des typischen Gebirgspferdes sind die elastisch - geschmeidigen Bewegungen bei starkem Schub aus der Hinterhand.